Krankenhaus-assoziierte Erreger werden häufig klonal verbreitet und Gesamtgenomsequenzierung ist hier bei der Entdeckung dieser Übertragungsketten die beste und eindeutigste Methode. Dabei beruhen die Analysen auf Reinkulturen. Die erste Phase des TAPIR-Projektes leistete Grundlagen zur Nutzung von Metagenomsequenzierung, also der Analyse von gemischten Kulturen direkt aus Abstrichmaterial von Patientinnen und Patienten. Das Ziel des Projektes ist es, die Rolle von Plasmiden und deren Übertragung zu analysieren, und daraus Erkenntnisse für Anpassungen von Maßnahmen in der Infektionsprävention und Krankenhaushygiene zu gewinnen. Ein zweites Ziel ist die Analyse des Mikrobioms von Neugeborenen auf Intensivstation, und wie dieses sowohl durch die individuelle Entwicklung als auch durch die Bakterien, die auf der Station zu dem Zeitpunkt vorherrschen, beeinflusst wird.